Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah membawa perubahan yang signifikan terhadap pembentukan Perangkat Daerah, yakni dengan prinsip tepat fungsi dan tepat ukuran (rightsizing) berdasarkan beban kerja yang sesuai dengan kondisi nyata di masing-masing Daerah. Hal ini juga sejalan dengan prinsip penataan organisasi Perangkat Daerah yang rasional, proporsional, efektif, dan efisien.

Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Berau dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Berau Nomor 7 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah. Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Berau yang selanjutnya disingkat dengan BAPENDA merupakan unsur penunjang (technostructure) yang melaksanakan tugas dan fungsi sebagai pembantu Bupati dalam melaksanakan fungsi mengatur dan mengurus untuk menunjang kelancaran pelaksanaan fungsi inti (operating core) urusan pemerintahan bidang keuangan di bidang pendapatan daerah.

Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Berau merupakan Organisasi Perangkat Daerah Tipe A yang dipimpin oleh Kepala Badan dan berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah.